Амеба протей является одноклеточным организмом, который питается органическими веществами. Она поглощает пищу через процесс фагоцитоза, то есть захватывает пищевые частицы и поглощает их внутрь своего тела. В качестве пищи амеба может потреблять бактерии, водоросли, детрит, микроскопические грибы и других одноклеточных организмов. Она также может осуществлять обмен веществ с окружающей средой через диффузию.