Взаємодія між амінокислотами в білковій молекулі виникає завдяки різним силам і взаємодіям, таким як водневі зв'язки, електростатичні взаємодії, ван-дер-Ваальсові сил, гідрофобні взаємодії та інші. Дані сили і взаємодії сприяють формуванню трьохвимірної структури білка і визначають його функції та характеристики.