Предшественниками кистеперых рыб можно считать архаичных лопастепёрых и хрящевые рыбы, которые появились более 400 миллионов лет назад. Эти представители древних рыб имели различные адаптации для жизни в воде и считаются предками современных кистеперых рыб.