Doesn't используется для форм образования отрицательных предложений от глагола в настоящем времени в третьем лице единственного числа. Например, He doesn't like coffee (Он не любит кофе).

Isn't является сокращением от is not и используется для образования отрицательных предложений в настоящем времени с глаголом "to be" (быть). Например, She isn't at home (Она не дома).