В клетках зелёной эвглены содержится хлоропласты, которые выполняют функцию проведения фотосинтеза. Кроме того, в клетках эвглены содержатся цитоплазма, ядро, митохондрии, вакуоли, рибосомы и другие органеллы, необходимые для обеспечения жизнедеятельности клетки.