Озеро Балхаш имеет химический состав, типичный для соленых озер. Вода в озере содержит различные соли, включая натрий, калий, магний, сульфаты, хлориды и др. Кроме того, в озере могут присутствовать также металлы, такие как железо, медь, цинк и другие элементы. Различные микроорганизмы и водоросли, а также рыбы и другие животные, также влияют на химический состав озера Балхаш.