Афанасий Никитин мог быть назван так в честь своего отца или деда Никиты, что является распространенной практикой в русской культуре. Также возможно, что имя Никитин было просто присвоено ему как отчество или в качестве псевдонима, чтобы подчеркнуть его связь с каким-то Никитой или Никитиным родом. Кроме того, отчество Никитин может быть использовано для идентификации и отличия его от других людей с именем Афанасий.