Управление колониями зависело от страны-колонизатора и времени их установления. Обычно колонии управлялись централизованно из метрополии через назначенных губернаторов или администраторов. Колонизаторы устанавливали свои правила и законы, контролировали экономическую деятельность, сбор налогов, торговлю и военное обеспечение.

В различных странах применялись различные методы управления колониями, от жесткого и подавления национальных культур и обычаев до более мягких подходов, признающих некоторую автономию и самоуправление. Например, во Франции применялась система прямого управления, в то время как Британская империя предпочитала создавать сферы влияния и предоставлять некоторую автономию.

Важной частью управления колониями было также пропагандирование культуры, языка и ценностей колонизаторов, что способствовало ассимиляции местного населения.