Потому что слово «почему» исторически образовано как «по + чему» — буквально «по (за) что», то есть «по какому поводу», «по какой причине». В древнерусском/церковнославянском это было «почѣму»; в праславянском реконструируется форма $\ast po\check{c}ьemu$. Приставка «по-» здесь даёт значение «по поводу, за»; «чему» — дательный падеж от «что/чьто» (вопрос «по чему?» → «по какой причине?»). Со временем словосочетание закрепилось как единое вопросительное наречие со значением «почему».