Оба варианта являются правильными, но более предпочтительным и устойчивым в обиходной речи является вариант "Они прошли вглубь здания".
Оба варианта являются правильными, но более предпочтительным и устойчивым в обиходной речи является вариант "Они прошли вглубь здания".