Как будет правильней написать? например:
Как ты мог так поступить?... Я не понимаю
или
Как ты мог так поступить...? Я не понимаю

если хочешь сделать некую паузу в предложение следует троеточие ставить до вопросительно знака ...? или же после ?...
мне нравится когда после стоит: Как ты мог так поступить?... Я не понимаю

таким образом хочешь показать читателям, как герой после как задал вопрос делает паузу ... и продолжает своё предложение, но в многих произведениях я замечала, что троеточие в таких предложениях ставится до вопросительного знака вот так - ...?

Предыдущий
вопрос Следующий
вопрос

В русском языке существует несколько правил, касающихся пунктуации и расстановки знаков препинания. В вашем случае оба варианта возможны, но имеют разные акценты.

Как ты мог так поступить?... Я не понимаю — в этом варианте троеточие ставится после вопросительного знака, что может подчеркивать паузу, сделанную после вопроса.

Как ты мог так поступить...? Я не понимаю — здесь троеточие идет перед вопросительным знаком, что также может указывать на некую затрудненность или паузу в мысли перед вопросом.

Оба варианта имеют право на существование, но их использование зависит от того, какое именно значение вы хотите вложить в своё предложение. Если вы хотите явно показать паузу после вопроса, то правильнее будет использовать первый вариант, где троеточие стоит после вопросительного знака. Если же хотите акцентировать именно сам вопрос с паузой перед ним, то второй вариант будет более уместен.

Итак, если ваша цель — показать паузу после вопроса, то лучше использовать: Как ты мог так поступить?... Я не понимаю.