В первый день (то-то), а НА второй (сё-то), - так? В первый день шторм старательно отрывал светлое полотнище от металлических прутьев, на второй – победно размахивал и хлопал им, как парусом, по крыше, и только на третий день, когда уже просто зарядил проливной дождь, – в саду появились люди и убрали мокрую ткань. С предлогами всё в порядке? Пунктуация авторская.
Да, предлоги использованы правильно в данном контексте. Ваша авторская пунктуация передает особенности стиля и ритма текста.