Да, в данном случае окончание прилагательного будет "исполняющей" в женском роде: "назначить временно исполняющей обязанности начальника".
Да, в данном случае окончание прилагательного будет "исполняющей" в женском роде: "назначить временно исполняющей обязанности начальника".