Слово "презирать" пишется с буквой "е" из-за его происхождения от древнего слова "зирати", которое в свою очередь происходит от глагола "глядеть". В процессе эволюции языка это слово приобрело префикс "пре-" и изменило форму до "презирать", но буква "е" осталась в слове как изначальное.