Это связано с правилами русского языка о написании после согласных букв Е и И. В слове «в окончании» перед окончанием стоит гласная буква О, поэтому пишется И. В слове «в корне» перед согласной буквой Е стоит согласная буква Р, поэтому пишется буква Е.
Это связано с правилами русского языка о написании после согласных букв Е и И. В слове «в окончании» перед окончанием стоит гласная буква О, поэтому пишется И. В слове «в корне» перед согласной буквой Е стоит согласная буква Р, поэтому пишется буква Е.