Да, слово "запятая" относится к корням с чередованием А(Я)/ИМ/ЕМ и А(Я)/ИН, а не к корням с чередованием ПИН/ПЯ.
Да, слово "запятая" относится к корням с чередованием А(Я)/ИМ/ЕМ и А(Я)/ИН, а не к корням с чередованием ПИН/ПЯ.