Прежде всего - вводное выражение или наречное выражение Не хотела выносить как вопрос, но все же начала сомневаться... Есть два предложения, и мне кажется, обособление не нужно, т. к. "прежде всего" здесь можно заменить на "в первую очередь". Этот тип войн связан с оружием физического типа, которое создавалось и развивалось на основе естественнонаучного знания, и прежде всего физики. В современных условиях Запад, и прежде всего США и Федеральная Резервная Система, нефтедоллар ведут агрессивную неоколониальную энергетическую войну против России на всем постсоветском пространстве и за ее пределами.
Оба предложения допустимы с обособлением вводного выражения "прежде всего".