Если в уточнении два союза “и”, разделённые запятой, она явно лишняя? Или не явно... Мы видим, как идеи и ценности отдельно взятой эпохи, и философские, и художественные, существовали и передавались на протяжении поколений. Потонем в запятых? Мы видим, как идеи и ценности отдельно взятой эпохи - и философские, и художественные - существовали и передавались на протяжении поколений. Так? А с протяжением поколений все ли стилистически верно?
Да, ваш вариант с разделением запятыми корректен. Однако стилистически лучше заменить "на протяжении поколений" на "из поколения в поколение":
Мы видим, как идеи и ценности отдельно взятой эпохи - и философские, и художественные - существовали и передавались из поколения в поколение.